9 июня 2004 года Мосгоризбирком (МГИК) отказался регистрировать инициативную группу из 68 человек, предложившую референдум по трем вопросам: о согласовании точечной застройки с жителями, о запрете отключения горячей воды на срок более трех дней и о расселении жильцов сносимых домов в равнозначное жилье. МГИК пояснил, что формулировки вопросов не соответствуют Конституции РФ и законодательству Москвы.
19 мая 2009 года группа москвичей сдала в МГИК документы на проведение референдума о возврате прямых выборов мэра. 1 июня избирком направил документы в Мосгордуму, но прокуратура признала решение комиссии нелегитимным. Тем не менее Мосгордума рассмотрела заявку, но признала предложенные на референдум вопросы не соответствующими законодательству.
В апреле 2011 года избирком отказал КПРФ в регистрации группы по проведению референдума о заморозке тарифов ЖКХ и очередности капремонта домов. Причиной отказа назвали неправильно поставленные под ходатайством подписи. В августе Верховный суд (ВС) признал решение избиркома незаконным. В дальнейшем избирком дважды повторно отказывал коммунистам, а ВС признавал эти решения незаконными. В декабре 2013 года МГИК одобрил ходатайство о проведении референдума.
14 июня 2012 года МГИК отказал «Справедливой России» в регистрации инициативной группы по проведению референдума о самороспуске Мосгордумы. Основанием для роспуска в партии называли расширение территории Москвы. 23 августа Мосгорсуд признал незаконным решение избиркома, 20 сентября в регистрации группы партии было вновь отказано.
18 декабря 2013 года Мосгордума одобрила инициативу «Справедливой России» о проведении референдума о платных парковках. Для этого необходимо было собрать подписи примерно 142 тыс. москвичей. Однако в январе партия отказалась от идеи и не стала сдавать подписные листы в Мосгоризбирком, обнаружив в них много фальсификаций.
28 июня 2017 года Мосгордума отказала двум инициативным группам («Альянсу зеленых» и «Союзу горожан») в референдумах о реновации жилищного фонда Москвы. Предлагаемые вопросы были признаны не соответствующими законодательству.