Рост заболеваемости в 1995 году был вызван загрязнением водопроводной воды. Например, в августе 1995 года в городе Дмитровград Ульяновской области из-за плохого качества водопроводной воды дизентерией заболели 1885 человек, 607 из них были госпитализированы.
В дальнейшем характер эпидемий менялся: наиболее массовые случаи заболевания объяснялись передачей инфекции через пищевые продукты.Так, в октябре 1995 года в Набережных Челнах с диагнозом "дизентерия" были госпитализированы 1156 человек, в том числе 721 ребенок. Причиной заболевания послужило зараженное молоко, поступившее в продажу.
В августе 1996 года в башкирском городе Стерлитамаке эпидемия поразила около 400 человек, из них более 300 детей. Все они употребляли в пищу недоброкачественные молочные продукты, произведенные Стерлитамакским гормолкомбинатом.
В сентябре 2001 года 598 детей и 46 воспитателей в 26 детских садах Красносельского, Адмиралтейского, Калининского и Выборгского районов Санкт-Петербурга заразились, съев инфицированное "Крестьянское" масло, произведенное в украинском городе Ивано-Франковске.