В сентябре 1996 года на выборах главы администрации Амурской области коммунист Анатолий Белоногов на 189 голосов (0,08%) опередил действующего главу области Юрия Ляшко. Господин Ляшко результаты выборов опротестовал, и суд признал их недействительными: специально вызванные графологи усомнились в подлинности подписей на 135 протоколах с избирательных участков. На повторных выборах господин Белоногов опередил соперника более чем на 35% голосов.
Второй такой случай произошел в Эвенкийском автономном округе, который является составной частью Красноярского края. На выборах, состоявшихся в декабре 1996 года, председатель законодательного суглана Александр Боковиков опередил действующего губернатора Анатолия Якимова на 74 голоса. Проигравший оспорил итоги выборов, и окружной избирком, рассмотрев около 40 жалоб, постановил, что обнаруженные нарушения не позволили достоверно установить волю избирателей, и признал итоги выборов недействительными. На повторных выборах (они состоялись в марте 1997 года) господин Боковиков одержал уверенную по эвенкийским меркам победу — он опередил соперника на 666 голосов, что составило 8,5% (всего в Эвенкии на тот момент было зарегистрировано 12,9 тыс. избирателей).Несколько иная ситуация сложилась в 1993 году в Челябинской области. Челябинский облсовет в январе 1993 года назначил выборы главы области на 11 апреля. Действующий глава области Вадим Соловьев, назначенный на этот пост указом Бориса Ельцина, опротестовал решение облсовета. Областной суд отменил постановление облсовета о назначении выборов, однако Верховный суд РФ подтвердил правоту депутатов. Во втором туре выборов победителем стал председатель облсовета Петр Сумин (Вадим Соловьев в них не участвовал). Уже после того как выборы состоялись, правоту облсовета признал и Конституционный суд РФ. Тем не менее президент РФ Борис Ельцин и губернатор Вадим Соловьев результаты выборов так и не признали, поэтому в течение полугода в области действовали две администрации. После октябрьских событий 1993 года Борис Ельцин своим указом распустил челябинской облсовет и подтвердил полномочия господина Соловьева. В итоге нормальные выборы главы области прошли лишь в 1996 году, и Петр Сумин одержал на них убедительную победу, набрав 53,3% голосов против 16% у Вадима Соловьева.
Кроме того, еще в четырех субъектах федерации губернаторские выборы признавались несостоявшимися. В Чувашии и Калмыкии в 1991 году и в Агинском Бурятском автономном округе в 1996 году ни одному из кандидатов не удавалось набрать более 50% голосов избирателей (как того требовало местное законодательство). А в Краснодарском крае в 1996 году явка избирателей оказалась ниже установленной краевым законом 50-процентной планки.