В 1993 году АПР добилась на выборах наилучшего результата, набрав 7,99% голосов избирателей по партийным спискам (21 депутатский мандат). Еще 16 кандидатов-аграриев прошли по одномандатным округам. Таким образом, в первой Думе АПР сформировала свою фракцию, в которой состояло 37 депутатов.
В 1995 году аграрии не смогли преодолеть 5-процентный барьер, получив поддержку только 3,78% избирателей. По одномандатным округам прошло 20 аграриев, которые вошли в состав Аграрной депутатской группы, сформированной при поддержке КПРФ.В 1999 году АПР пошла на выборы в составе блока "Отечество — Вся Россия", но поскольку блок набрал только 13,33% голосов (37 депутатских мандатов), самостоятельную депутатскую группу сторонникам Михаила Лапшина сформировать не удалось. Зато прошедшие по одномандатным округам представители левого крыла партии во главе с Николаем Харитоновым при помощи коммунистов сформировали Агропромышленную группу (сейчас она насчитывает 43 депутата).