В середине 90-х годов в Саратовской области милицией была задержана жена одного из волонтеров Корпуса мира, Мэтью Баркли (Mathiew Barkly), у которой обнаружили марихуану. Скандал удалось замять.
В 1995-1996 годах в Воронеже произошел конфликт между руководителями центра агробизнеса при Воронежском агрогосуниверситете и направленными сюда на работу сотрудниками Корпуса мира Робертом Вендором (Robert Vendor) и Томасом Перпасом (Thomas Perpas). Российская сторона обвинила волонтеров в том, что они не занимаются основной деятельностью, предпочитая отслеживать работу предприятий военно-промышленного комплекса. Кроме того, американцы сорвали получение ряда грантов. В официальном протесте центр агробизнеса потребовал от московского представительства Корпуса мира возвратить все документы, переданные волонтерам, удержать с них зарплату, затраты на жилье и услуги переводчика. После этого оба сотрудника Корпуса мира вернулись в США.В начале 2000 года в Нижегородской области возник конфликт по поводу выделения бюджетных средств Корпусу мира. При утверждении бюджета на 2000 год депутаты областного законодательного собрания обнаружили, что эта гуманитарная организация просит выделить ей более 400 млн руб. Представители областной администрации мотивировали это тем, что сотрудники Корпуса мира привлекают в область иностранные инвестиции. В результате расходы областного бюджета на Корпус мира составили 173 млн руб.