Доля безвозмездных поступлений из РФ в бюджете Южной Осетии составляет более 90%. Так, доходная часть бюджета на 2017 год определена в 8,1 млрд руб., из которых 7,3 млрд руб.— финансовая помощь РФ. В марте 2015 года президент Владимир Путин заявлял, что за 2008-2014 годы совокупный объем помощи республике превысил 43 млрд руб.
В декабре 2008 года Счетная палата выявила нарушения использования бюджетных средств при восстановительных работах. Для контроля за процессом по предложению аудиторов при Минрегионе создали ФГУ "Южная дирекция".
В марте 2010 года в южноосетинских СМИ началась кампания против премьера, выходца из Челябинской области Вадима Бровцева, якобы лоббировавшего уральские фирмы. Помимо премьера выходцами из Челябинской области были глава "Южной дирекции" Сергей Агеев и курировавший восстановление заместитель главы Минрегиона Роман Панов, в июне 2015 года осужденный на шесть с половиной лет за хищения при подготовке к саммиту АТЭС.
31 мая Счетная палата сообщила, что цена строительства 1 кв. м в Южной Осетии на треть выше, чем на российском Кавказе. По результатам проверок Генпрокуратура возбудила 11 дел, об их итогах не сообщалось.
9 августа президент Эдуард Кокойты в интервью "Ъ" обвинил российских специалистов из команды премьера Бровцева в реализации "коррупционных схем". Упомянутые им подрядчики в ответ обвинили самого президента в разворовывании российских денег.
19 августа 2010 года Генпрокуратура РФ заявила о нарушении "Южной дирекцией" бюджетного законодательства и закона о госзакупках. В ноябре 2012 года ФГУ было ликвидировано, его функции перешли к республиканскому министерству строительства и архитектуры.
В феврале 2013 года в СМИ попали данные о новой проверке Счетной палаты. Согласно им, с нарушениями было потрачено более 1 млрд руб.
24 июля президент Южной Осетии Леонид Тибилов сообщил, что прокуратурой республики возбуждено более 60 уголовных дел. 32 из них переданы Генпрокуратуре РФ, поскольку их фигуранты находятся в России. Имена не назывались.
7 декабря 2016 года Ленинский райсуд Екатеринбурга в рамках одного из возбужденных в 2013 году дел приговорил к девяти годам колонии бывшего заместителя главы "Южной дирекции" Павла Бегебу за растрату и взяточничество при проведении восстановительных работ в республике.