Программы сотрудничества Совета Европы (СЕ) и СССР начали формироваться с осени 1989 года, после визита в Страсбург генсека ЦК КПСС Михаила Горбачева.
В 1990-1991 годах СССР, не будучи членом Совета Европы, ратифицировал ряд его конвенций, в частности об охране архитектурного наследия Европы, Конвенцию против применения допинга и Европейскую культурную конвенцию. 7 мая 1992 года Россия подала заявку на вступление в организацию, но из-за путча 1993 года, а затем из-за войны в Чечне ее рассмотрение откладывалось. Россия была принята в Совет Европы 28 февраля 1996 года. В тот же день РФ ратифицировала устав СЕ и генеральное соглашение о привилегиях и иммунитетах. Всего с 1990 года были подписаны и ратифицированы 60 из 219 договорно-правовых актов СЕ, еще 17 были подписаны, но не ратифицированы, одна конвенция была расторгнута — об охране археологического наследия (в 2011 году Россией была принята пересмотренная версия). На данный момент Россия не ратифицировала и не подписала 141 документ СЕ.
20 февраля 1998 года Госдума большинством голосов (65,3%) приняла закон о ратификации одной из ключевых конвенций Совета Европы — о защите прав человека и основных свобод. 1 ноября 1998 года документ вступил в силу в РФ. Дополнительные протоколы к Конвенции об отмене смертной казни Россией приняты не были, Совет Европы продолжает настаивать на их ратификации. Нарушениями положений конвенции занимается Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ).
В 1998-2002 годах Россия также ратифицировала основные конвенции СЕ в области уголовного права — о выдаче и взаимной правовой помощи, а также конвенции о пресечении терроризма, о предупреждении пыток и о приграничном сотрудничестве.
Последний на данный момент документ СЕ, ратифицированный Россией (4 марта 2015 года),— Конвенция о взаимной административной помощи в налоговой области, позволяющая на межгосударственном уровне осуществлять налоговый контроль, взыскивать платежи и обмениваться данными. За последние пять лет Россия также подписала, но не ратифицировала четыре конвенции Совета Европы: о запрете на торговлю человеческими органами, о контрафактной медицинской продукции, о манипуляциях спортивными соревнованиями и об отмене легализации дипломатических документов.
Специальная мониторинговая миссия Совета Европы неоднократно призывала Россию к ратификации ряда документов. В частности, в последнем комплексном докладе о ситуации в стране от 15 октября 2013 года СЕ настаивает на ратификации Европейской хартии региональных языков (была подписана Россией в 2001 году, но не ратифицирована), конвенций о гражданстве, о киберпреступности, о защите прав рабочих-мигрантов и об участии иностранцев в общественной жизни на местном уровне. Особо отмечалась необходимость ратификации протокола N12 к Конвенции о защите прав человека, в котором предусматривается общий запрет дискриминации.