Меджлис крымскотатарского народа был образован 26 июня 1991 года решением Курултая, высшего представительного органа крымских татар. В период между сессиями Курултая меджлис наделяется правами высшего полномочного представительного-исполнительного органа крымских татар. Меджлис состоит из 33 человек, включая председателя, и избирается из делегатов курултая тайным голосованием. Меджлис созывает Курултай не реже одного раза в два с половиной года. Председателем Междлиса с 1991-го до ноября 2013 года был Мустафа Джемилев, глава организации крымскотатарского национального движения. С ноября 2013 года этот пост занимает президент Всемирного конгресса крымских татар Рефат Чубаров.
9 марта 2014 года экс-глава Меджлиса и депутат Верховной рады Украины Мустафа Джемилев заявил в интервью Financial Times, что «Аннексия Крыма углубит этнические и религиозные различия в самом Крыму, повышая риск межобщинной розни и даже вооруженного конфликта».
20 марта Верховная рада Украины издала постановление о гарантии прав крымскотатарского народа в составе Украины и признании Меджлиса исполнительным органом крымских татар. В апреле Мустафа Джемилев в интервью радио «Свобода» заявил, что ему запрещен въезд в Крым до 2019 года. В июле был введен аналогичный запрет в отношении Рефата Чубарова.
В сентябре 2014 года в интервью журналу «Власть» врио главы Крыма Сергей Аксенов заявил, что Меджлис «не был зарегистрирован должным образом». 16 сентября в здании Меджлиса прошли обыски с изъятием протоколов заседаний, религиозных книг, компьтеров. 18 сентября Меджлис покинул здание по требованию Центрального райсуда Симферополя.
В мае 2015 года УФСБ по Крыму и Севастополю возбудило дело в отношении Рефата Чубарова за призывы к нарушению территориальной целостности РФ. Причиной могло стать интервью в эфире украинского «Пятого канала» в апреле, в котором господин Чубаров заявил, что «надо просто вернуть Крым» Украине.
21 сентября Министерство информации Крыма получило письмо от прокурора республики Натальи Поклонской, в котором говорится, что на полуострове нет официально зарегистрированных организаций со словами «меджлис» и «меджлис крымскотатарского народа» в названии. После этого министерство разослало местным СМИ рекомендацию «прекратить использование в новостных сюжетах, статьях и интервью средствами массовой информации Республики Крым, в том числе сети интернет, наименования или частей наименования несуществующих организаций».