14 июня 2000 года 17 бизнесменов (Владимир Потанин, Михаил Фридман, Владимир Евтушенков, Михаил Ходорковский и др.) в открытом письме генпрокурору Владимиру Устинову поручились "за надлежащее поведение" арестованного главы холдинга "Медиа-Мост" Владимира Гусинского. Через два дня его освободили под подписку о невыезде. В июле дело закрыли, бизнесмен покинул Россию. Позже Генпрокуратура возобновила дело, но не добилась экстрадиции.
21 января 2002 года бюро правления РСПП в письме Владимиру Устинову поддержало топ-менеджеров СИБУРа Якова Голдовского и Евгения Кощица, арестованных по обвинению в уводе активов "Газпрома". В письме отмечалось, что "действия силовых структур легко могут подорвать доверие к надежности российских предприятий и экономики в целом". В сентябре суд приговорил бизнесменов к семи месяцам каждого, которые они уже отбыли в СИЗО.
11 июля 2003 года, через девять дней после ареста совладельца ЮКОСа Платона Лебедева, президент РСПП Аркадий Вольский передал президенту Владимиру Путину письмо членов союза. Текст не разглашался, но в беседе с СМИ господин Вольский отметил, что в нем содержалась просьба "сохранить стабильность" и "не допустить пересмотра приватизации". Вместе с арестованным позже Михаилом Ходорковским господин Лебедев был дважды приговорен и провел в заключении почти 11 лет.
28 августа 2013 года РСПП распространил заявление с требованием незамедлительно освободить арестованного в Минске гендиректора "Уралкалия" Владислава Баумгертнера. 14 октября СКР возбудил собственное дело в отношении бизнесмена. 22 ноября он был экстрадирован в Россию, помещен под домашний арест и лишь 1 сентября 2014 года освобожден судом под залог (см. стр. 6).