5 сентября 2005 года президент Владимир Путин запустил программу приоритетных национальных проектов по четырем направлениям — образование (в 2006-2007 годах выделено 78,2 млрд руб.), здравоохранение (222,5 млрд руб.), жилье (84,7 млрд руб.) и агропромышленный комплекс (47,3 млрд руб.). Курировал их первый вице-премьер Дмитрий Медведев. В 2008 году правительство объявило о сокращении госинвестиций на 15%, в том же году начался перевод нацпроектов в госпрограммы, а затем — на региональный уровень.
В 2006 году одной из первых принятых госпрограмм стала "Госпрограмма развития вооружений на 2007-2015 годы" на 5 трлн руб., предусматривавшая оснащение армии новой техникой. К 2011 году программа была фактически провалена, после чего ей на смену пришла госпрограмма вооружений до 2020 года на 20 трлн руб.
В настоящее время в России действует около 40 госпрограмм по пяти основным направлениям: "Новое качество жизни", "Инновационное развитие и модернизация экономики", "Эффективное государство", "Сбалансированное региональное развитие" и "Обеспечение национальной безопасности". В октябре 2013 года Минэкономики заявило о необходимости сокращения госпрограмм на 2014-2016 годы на 3 трлн руб.
Отдельные проекты финансируются через несколько десятков федеральных целевых программ (ФЦП), реализация которых неоднократно подвергалась критике. Так, в апреле 2007 года Минэкономики признало неэффективность шести крупных ФЦП, в том числе по утилизации вооружений и военной техники и по сокращению различий в социально-экономическом положении регионов. По итогам года только 9 из 46 ФЦП были признаны успешными. В 2012 году неэффективными были признаны четыре программы, в том числе "Обеспечение безопасности полетов воздушных судов государственной авиации РФ в 2011-2015 годах" (11 млрд руб.). В 2013 году премьер Дмитрий Медведев поручил отказаться от неэффективных ФЦП, перенаправив их средства "на что-то более полезное". Наибольшей критики удостоились программы "Чистая вода" (18 млрд руб.) и "Социальное развитие села" (9 млрд руб.).