По оценке главы Минфина Антона Силуанова на Госсовете в конце 2012 года, государство тогда вложило в создание зон около 70 млрд руб. из федерального бюджета, но в большинстве из них дела идут «ни шатко ни валко». По оценке Минэкономики, в 2012 году план по привлечению инвестиций в ОЭЗ был выполнен лишь на 48%. Самыми отстающими в ведомстве признают туристические и портовые зоны, но и производственные зачастую не оправдывают инвестиции государства в их инфраструктуру: большинство резидентов используют лишь 10–20% изначально заявленных ими мощностей, сетовали в министерстве. Летом 2013 года Минэкономики даже предложило изменить типовую форму соглашений с резидентами ОЭЗ, обязав их возмещать управляющей компании затраты в случае недобора договорного объема топливно-энергетических ресурсов и коммунальных услуг.
На заседании Госсовета о проблемах существующей формы ОЭЗ заявлял губернатор Ульяновской области Сергей Морозов. Он предложил «вернуться к исходной идее ОЭЗ как территорий, способных конкурировать за инвестора с зарубежными странами, а не с другими зонами развития, уже существующими внутри РФ». Он также предлагал создать федеральное агентство по привлечению инвестиций либо переформатировать государственное АО «Особые экономические зоны», сконцентрировав его на задаче привлечения именно зарубежных инвесторов. Техническое управление предлагалось переложить на частные управляющие компании. Цель предложения господина Морозова — «привлекать к 2018 году не менее 10% всех мировых инвестиций».