Одним из первых от дефолта 1998 года пострадал банк «Империал», лицензия которого была отозвана 25 августа из-за недостоверности отчетных данных. Объем вкладов в банке составлял 5,9 млрд руб. В июле 1999 года лицензию вернули, но 21 января 2004 года вновь отозвали.
3 сентября 1998 года в банке «СБС-Агро», входившем до кризиса в десятку крупнейших в стране, была введена временная администрация. Однако его лицензия была отозвана только 17 января 2003 года в связи с добровольной ликвидацией.
29 октября 1998 года лицензии лишился Инкомбанк, имевший долг в 41 млрд руб.
18 мая 1999 года ЦБ отозвал лицензию у банка МЕНАТЕП с активами в 27,7 млрд руб. Объем неоплаченных в срок требований кредиторов у него составлял 2,3 млрд руб.
1–2 июля 1999 года отозваны лицензии сразу у четырех банков: Промстройбанка (чистые активы — 5,5 млрд руб.), Межкомбанка (2,4 млрд руб.), Мосбизнесбанка (6,1 млрд руб.) и ОНЭКСИМбанка (29,4 млрд руб.). Три банка в итоге были признаны судом банкротами, ОНЭКСИМбанк присоединился к Росбанку.
20 апреля 2001 года лицензии лишился Мост-банк (чистые активы — около 10,7 млрд руб.). Долг перед кредиторами составлял 18,4 млрд руб. 24 октября 2001 года банк был признан банкротом.
13 мая 2004 года впервые с формулировкой «за отмывание денег» лицензию потерял Содбизнесбанк. На 1 января активы банка составляли 5,7 млрд руб.
10 февраля 2005 года отозвана лицензия у банка «Олимпийский». Его задолженность равнялась 8,3 млрд руб., чистые активы — 10,31 млрд руб.
5 октября 2010 года лицензии лишился Межпромбанк сенатора Сергея Пугачева, допустивший в июле дефолт по выпуску евробондов на €200 млн. Активы составляли 133 млрд руб., долг перед ЦБ — 32 млрд руб.
30 сентября 2013 года ЦБ отозвал лицензию у банка «Пушкино». Активы банка составляли 29,5 млрд руб., объем вкладов на момент отзыва лицензии — 23,6 млрд руб.