Основана в Санкт-Петербурге в 1738 году по указу императрицы Анны Иоанновны как танцевальная школа. Первым ее руководителем стал французский танцмейстер Жан-Батист Ланде. После указа императрицы Елизаветы Петровны от 1756 года о создании русского театра преобразовалась в Театральную школу, в которой велось обучение балету, драме, музыке, живописи.
В 1855-1887 годах в ней давал уроки балетмейстер Мариус Петипа. В 1898 году школу окончил реформатор русского балета Михаил Фокин. С 1921 года в ней преподавала ее выпускница Агриппина Ваганова.
В 1928 году школа была преобразована в Ленинградский хореографический техникум, в 1937 году — в Ленинградское хореографическое училище. В 1991 году получила статус академии. Среди выпускников школы разных лет знаковые фигуры отечественного балета: Авдотья Истомина, Матильда Кшесинская, Анна Павлова, Вацлав Нижинский, Марина Семенова, Галина Уланова, Наталья Дудинская, Константин Сергеев, Юрий Григорович, Рудольф Нуреев, Михаил Барышников, Алтынай Асылмуратова, Ульяна Лопаткина, Диана Вишнева, Светлана Захарова. В настоящее время в состав академии входят исполнительский, педагогический факультеты и факультет повышения квалификации.
В 1758-1766 годах училище возглавлял основоположник русской драматургии Александр Сумароков. В 1822-1825 годах руководителем был герой войны 1812 года генерал-губернатор Санкт-Петербурга Михаил Милорадович. С 1987 по 2004 год ректором Академии работал Леонид Надиров, назначенный 12 марта 2004 года первым замминистра культуры и массовых коммуникаций. После его ухода академию возглавляла Вера Дорофеева, один из авторов и организаторов международного балетного конкурса "Ваганова-Prix", занимавшая ранее пост помощника ректора по международным связям.