25 декабря 1990 года Верховный Совет утвердил председателем Центрального банка (ЦБ) РСФСР находившегося с августа того же года в статусе и. о. Георгия Матюхина, который до этого работал заведующим кафедрой Академии внешней торговли и ведущим научным сотрудником Института США и Канады АН СССР. Считавшийся креатурой председателя Верховного Совета Руслана Хасбулатова Матюхин запомнился скандалом с фальшивыми чеченскими авизо, развитием спирали гиперинфляции и кризисом неплатежей. Подал в отставку "по состоянию здоровья".
17 июля 1992 года и. о. председателя ЦБ президиум Верховного Совета назначил бывшего главу Госбанка СССР Виктора Геращенко, 4 ноября он был единогласно утвержден в этой должности. Геращенко успешно занимался санацией платежного кризиса путем взаимозачета долгов, проводил конфискационную денежную реформу 1993 года. После обвального падения курса рубля в "черный вторник" 11 октября 1994 года подал в отставку.
19 октября 1994 года и. о. председателя ЦБ указом президента Ельцина назначена заместитель Геращенко Татьяна Парамонова. 23 ноября 1994 года и 19 июля 1995 года Госдума отказывалась утверждать ее на посту главы ЦБ. Парамонова проводила согласованную с президентом кредитно-денежную политику, акцентированную на снижение темпов инфляции и стабилизацию курса рубля.
8 ноября 1995 года Борис Ельцин назначил первого заместителя Парамоновой Александра Хандруева временно исполняющим обязанности председателя ЦБ.
22 ноября 1995 года Госдума утвердила главой ЦБ экс-министра финансов, члена правления "Газпрома" Сергея Дубинина. Он проводил курс на смягчение кредитно-денежной политики, с началом в 1997 году мирового финансового кризиса повышал ставку рефинансирования и нормативы резервирования. После обрушения пирамиды ГКО и резкой девальвации рубля летом 1998 года подал в отставку.
11 сентября 1998 года президент Ельцин принял отставку Дубинина и внес в Госдуму кандидатуру Виктора Геращенко, который в тот же день был утвержден на посту председателя ЦБ. Во время своего второго периода работы во главе Центробанка Геращенко зарекомендовал себя сторонником укрепления реального курса рубля, последовательно снижал ставку рефинансирования. 15 марта 2002 года подал в отставку в знак протеста против принятия поправок в закон "О банке России", урезающих полномочия руководства ЦБ.
20 марта 2002 года Госдума одобрила назначение главой Центробанка первого замминистра финансов Сергея Игнатьева. 16 ноября 2005 года и 24 июня 2009 года нижняя палата дважды подтверждала его полномочия на этом посту. В 2011 году журнал The Banker назвал его лучшим главой ЦБ в Европе, поставив в заслуги успехи в борьбе с инфляцией и совершенствование банковского надзора.