В Госдуме указ Бориса Ельцина об отстранении Скуратова вызвал жаркую дискуссию. О ее накале говорит хотя бы тот факт, что постановление "Об обращении к членам Совета федерации в связи с неконституционным отстранением от должности генпрокурора РФ Ю. И. Скуратова", подготовленное главой комитета по безопасности Виктором Илюхиным, было принято 233 голосами при одном "против" и трех воздержавшихся лишь со второй попытки.
Среди наиболее жестких оппонентов постановления оказались НДР и ЛДПР. Лидер фракции НДР Владимир Рыжков обратил внимание на то, что постановление некорректно по своему содержанию. В нем, например, говорится, что никакого уголовного дела против Скуратова не существует, тогда как факт его возбуждения подтвердил депутатам представитель президента в Думе Александр Котенков. Еще более эмоционально выступил замглавы фракции ЛДПР Алексей Митрофанов. Обозвав Илюхина "крутейшим лоббистом прокуратуры", он заявил, что постановление носит чисто политический характер, а Скуратов нужен КПРФ, потому что "это часть их власти". Потом Митрофанов пообещал коммунистам: "Мы вас будем молотить! Мы снесем вас к чертовой матери, если вы будете так действовать!" Это, впрочем, не помешало левым принять постановление с призывом к Совету федерации "незамедлительно собраться на пленарное заседание и принять меры по ограждению генпрокурора от грубых нападок и разнузданной кампании их клеветы и шельмования".
В Совете федерации к указу президента как будто были готовы. По крайней мере, реакция на это событие была спокойной. "Изучим и рассмотрим на официальном заседании",— пообещал спикер верхней палаты Егор Строев, который еще в самом начале истории с отставкой Скуратова предлагал приготовиться к "мыльной опере" с генпрокурором в главной роли. Выяснением новых обстоятельств отставки генпрокурора займется специальная комиссия, сформированная из членов СФ.