25 декабря 1990 года Верховный совет (ВС) утвердил председателем ЦБ РСФСР Георгия Матюхина, с августа того же года находившегося в статусе исполняющего обязанности. До этого господин Матюхин работал завкафедрой Академии внешней торговли и ведущим научным сотрудником Института США и Канады АН СССР. Первый глава ЦБ России запомнился скандалом с фальшивыми чеченскими авизо, гиперинфляцией и кризисом неплатежей. Подал в отставку "по состоянию здоровья".
17 июля 1992 года и. о. председателя ЦБ президиум ВС назначил бывшего главу Госбанка СССР Виктора Геращенко. 4 ноября того же года ВС единогласно утвердил его в должности. Господин Геращенко успешно решил платежный кризис, провел конфискационную денежную реформу, предпринял первую попытку ликвидировать мелкие банки. Подал в отставку после обвального падения курса рубля в "черный вторник", 11 октября 1994 года.
19 октября 1994 года и. о. председателя ЦБ указом президента Бориса Ельцина назначена заместитель Виктора Геращенко Татьяна Парамонова. 23 ноября 1994 года и 19 июля 1995 года Госдума отказывалась утверждать ее на посту. Проводила согласованную с президентом денежно-кредитную политику, акцентированную на снижение инфляции и стабилизацию курса рубля, отбила первую попытку приватизировать Сбербанк.
С 8 по 22 ноября 1995 года по президентскому указу временно обязанности главы ЦБ исполнял первый заместитель госпожи Парамоновой Александр Хандруев.
22 ноября 1995 года Госдума утвердила главой ЦБ экс-министра финансов Сергея Дубинина (за проголосовали 338 депутатов, один был против, двое воздержались). Он проводил курс на смягчение кредитно-денежной политики, с началом в 1997 году мирового финансового кризиса повышал ставку рефинансирования и нормативы резервирования, при нем прошла деноминация рубля. После обрушения пирамиды ГКО и резкой девальвации рубля летом 1998 года подал в отставку.
11 сентября 1998 года Борис Ельцин внес в Госдуму кандидатуру Виктора Геращенко, который в тот же день был утвержден на посту (за — 273 депутата, против — 65, воздержались двое). Господин Геращенко укреплял реальный курс рубля, последовательно снижал ставку рефинансирования. 15 марта 2002 года подал в отставку в знак протеста против принятия поправок в закон "О Банке России", урезающих полномочия руководства ЦБ.
20 марта 2002 года Госдума одобрила назначение главой ЦБ первого замминистра финансов Сергея Игнатьева (за были 290 депутатов). 16 ноября 2005 года и 24 июня 2009 года палата подтверждала его полномочия (в первом случае за единогласно проголосовали 380 присутствовавших депутатов; во втором 318 были за, 97 — против). В 2011 году журнал The Banker назвал его лучшим главой ЦБ в Европе, поставив в заслугу успехи в борьбе с инфляцией и совершенствование банковского надзора.