Павел Грачев, возглавлявший Минобороны 1493 дня (с 18 мая 1992 года по 18 июня 1996 года) потерял пост сразу после назначения Александра Лебедя секретарем совета безопасности РФ и помощником президента. Двумя днями ранее давний политический противник министра сумел на президентских выборах занять третье место с 14,7% голосов. По официальной версии господин Грачев уволился по собственному желанию. Но в тот же день Александр Лебедь заявил, что перед отставкой министр и его окружение "при поддержке из Грузии" замышляли военный переворот.
Назначенный по протекции господина Лебедя Игорь Родионов продержался на посту 310 дней (с 17 июля 1996 года до 22 мая 1997 года). О его увольнении Борис Ельцин объявил на заседании Совета обороны, посвященном военной реформе. "Я не просто не удовлетворен, а возмущен тем, как дело идет по реформированию армии и ее состоянием... Я очень низко оцениваю вашу работу, я не удовлетворен и должен сделать выводы",— заявил президент. Отставке предшествовали конфликты министра как с политической элитой, так и с генералитетом, который он настроил против себя, инициировав ряд уголовных дел.
Следующий министр Игорь Сергеев занимал пост 1406 дней (22 мая 1997 года--28 марта 2001 года). Его сменил давний соратник президента Владимира Путина Сергей Иванов, готовивший новую военную реформу, в то время как концепция развития вооруженных сил господина Сергеева считалась предвзятой (основные средства он направлял в РВСН, которые сам когда-то возглавлял). Но публичных претензий к нему не было. Сообщая о кадровых переменах, президент похвалил маршала "за огромный вклад... в укрепление обороноспособности", но подчеркнул, что "в современных условиях... обоснованным является замещение должности министра обороны РФ гражданским лицом".
15 февраля 2007 года, проведя во главе Минобороны 2150 дней, Сергей Иванов был назначен первым вице-премьером, курирующим оборонно-промышленный комплекс и "часть гражданского сектора экономики" (с 2005 года он был также "обычным" вице-премьером). Свое решение Владимир Путин объяснил необходимостью "придать российской экономике более инновационный характер", хотя эксперты и СМИ связывали его с предстоящими в 2008 году президентскими выборами. Считалось, что руководство оборонным ведомством ухудшало шансы господина Иванова по сравнению с другим кандидатом в преемники — Дмитрием Медведевым, набравшим популярность благодаря кураторству над нацпроектами.