Первое серьезное столкновение Сергея Бабурина с КПРФ произошло в начале 1994 года, во время формирования депутатских групп в прежней Думе. Возглавляемой Бабуриным группе "Российский путь" не хватало членов для регистрации (11 депутатов при необходимой численности в 35). Коммунисты и аграрии отказались делегировать в группу своих депутатов. Через два года, уже в нынешней Думе, коммунисты помогли созданию группы "Народовластие", однако с тем условием, что ее лидером будет не Бабурин, а Николай Рыжков. В качестве компенсации Бабурину была предложена должность вице-спикера.
Отношения между Бабуриным и коммунистами еще больше испортились во время президентской кампании. Вице-спикер отказался вступить в предвыборную коалицию Геннадия Зюганова и поддерживал лидера КПРФ "на неформальной основе".
В дальнейшем отношения между Бабуриным и коммунистами только ухудшались. Вице-спикер постоянно критиковал КПРФ за соглашательство, выразившееся, по его мнению, в утверждении кандидатуры Виктора Черномырдина на пост премьер-министра и за поддержку бюджетов 1997 и 1998 годов. Кроме того, весной прошлого года Бабурин, начавший сбор подписей за вынесение вопроса о вотуме недоверия правительству, получил от КПРФ отказ поддержать его инициативу.