26 мая 2004 года президент РФ Владимир Путин в послании Федеральному собранию обвинил неправительственные организации в "получении финансирования от влиятельных зарубежных фондов и обслуживании сомнительных групповых и коммерческих интересов". 2 июня правозащитники в совместном заявлении отметили, что упреки в их адрес являются "началом новой кампании нападок на демократическую оппозицию и гражданское общество в России". 20 июля 2005 года президент вновь высказался о недопустимости "финансирования неправомерной политической деятельности" из-за рубежа. Спустя полгода Госдума приняла поправки к закону об НКО, ужесточавшие правила их регистрации и деятельности.
22 января 2006 года телеканал "Россия" показал фильм Аркадия Мамонтова "Шпионы", в котором с помощью оперативной съемки ФСБ разоблачалась деятельность сотрудников британского посольства. В нем утверждалось, что один из британцев оказывал финансовую помощь таким правозащитным организациям, как Московская Хельсинкская группа и фонд "Евразия". Глава МХГ Людмила Алексеева назвала обвинения клеветой, однако выиграть иск о защите деловой репутации в Савеловском суде против господина Мамонтова и компании ВГТРК не смогла.
В январе 2007 года глава фонда "Образованные медиа" (российское отделение организации Internews International) Манана Асламазян была задержана в аэропорту Шереметьево с незадекларированными €9,5 тыс. Правозащитница объясняла, что перепутала евро с долларами, вследствие чего превысила разрешенную для ввоза без декларации сумму в $10 тыс. Однако МВД заподозрило ее в участии в "серой" схеме финансирования НКО и возбудило уголовное дело о контрабанде. В апреле в офисе фонда прошли обыски, после чего Генпрокуратура обвинила организацию в незаконном предпринимательстве и отмывании денежных средств. Это привело к ликвидации фонда, а сама госпожа Асламазян уехала во Францию. 10 июня 2008 года следственный комитет при МВД РФ прекратил ее уголовное дело на основании решения Конституционного суда, изменившего правила открытия дела о контрабанде.