С 25 июня 2008 года Михаил Прохоров является членом правительственной комиссии по высоким технологиям и инновациям, которую возглавляет лично Владимир Путин. В конце 1990-х годов он работал в совете при правительстве по вопросам банковской деятельности. В 1997 году входил в созданный правительством оргкомитет по подготовке и проведению юбилейных мероприятий, связанных с 60-летием беспосадочного перелета Валерия Чкалова через Северный полюс в США, а в 2009 году — по празднованию 90-летия основания Финансовой академии.
С июня 2007 года входил в наблюдательный совет, с июля 2011 года — член совета директоров "Роснано". Является членом правительственного оргкомитета по подготовке и проведению в России ежегодных международных форумов по нанотехнологиям.
Как член Бюро правления РСПП господин Прохоров является председателем комитета по рынку труда и кадровым стратегиям.
27 октября 2008 на внеочередной отчетно-выборной конференции господин Прохоров возглавил Союз биатлонистов России.