Впервые о создании Центрального депозитария в ФКЦБ заговорили в конце 1996 года. Тогда была создана рабочая группа с участием ЦБ, Минфина, ФАПСИ и других заинтересованных ведомств по выработке необходимых нормативных документов. Работа группы не прошла даром — в сентябре 1997 года был подписан указ президента, предусматривающий создание Национальной депозитарной системы с центральным хранилищем информации по владельцам корпоративных и государственных ценных бумаг. Около года никаких реальных шагов по выполнению этого плана не предпринималось. Зато практически все это время шла борьба между ЦБ и ФКЦБ за контроль над структурой, которая еще не создана.
Лишь в середине 1998 года премьер-министр Сергей Кириенко подписал постановление правительства о создании Центрального депозитария (ЦД) и даже назначил его директора. Постановлением предусматривалось, что ЦД будет не держателем ценных бумаг, а лишь хранилищем дублированной информации, поступающей от депозитариев, реестродержателей и эмитентов. Никаких действий по выполнению документа вновь не последовало, и ЦД до сих пор существует только на бумаге. Но представители нового состава ФКЦБ подхватили инициативу своих предшественников и в августе 2000 года заявили, что единый центр по хранению информации все-таки будет создан.