В московское правительство Иосиф Орджоникидзе был приглашен в 1990 году с должности секретаря ЦК ВЛКСМ. Он был назначен первым заместителем председателя Мосгорисполкома, руководителем департамента внешних связей. В 1993 году он стал вице-премьером. В его ведении — формирование валютных средств столичного правительства, осуществление мер по валютному регулированию, привлечение иностранного капитала и проблемы эффективного использования выделяемых Москве иностранных кредитов. Кроме того, он занимался лицензированием и продажей недвижимости за свободно конвертируемую валюту, а также управлением финансовым залоговым фондом правительства Москвы в Евробанке (Париж).
Иосиф Орджоникидзе отвечает за регулирование деятельности объектов игорного бизнеса, курирует деятельность московского комитета муниципальных займов и развитие фондового рынка. Вот некоторые объекты, находящиеся на попечении господина Орджоникидзе: международный бизнес-центр "Москва-Сити" (он председатель совета директоров банка "Москва-Сити"), гостиница "Интурист" (возглавлял конкурсную комиссию по определению фирмы-подрядчика по демонтажу и последующему строительству гостиницы), строительство трассы для соревнований "Формулы-1" со всей прилегающей инфраструктурой, в том числе боулинг-центров (возглавляет Федерацию спортивного боулинга России).
В 1998 году вице-премьер столичного правительства Иосиф Орджоникидзе попал в список 1000 самых богатых людей России, составленный главой Госналогслужбы Борисом Федоровым.