10 ноября 2004 года из фракции "Единая Россия" был исключен депутат Анатолий Ермолин. За пять дней до этого он обратился в Конституционный суд с открытым письмом, в котором просил оградить депутатов фракции от давления "теневых менеджеров" из президентской администрации.
В октябре 2008 года генсовет "Единой России" за неудовлетворительные итоги выборов рекомендовал снять с поста секретаря Свердловского регионального политсовета Александра Левина, а в марте 2009 года — главу тверского политсовета Андрея Епишина. Вскоре они лишились постов. Аналогичные меры применялись и к другим партийцам за провалы на выборах.
19 марта 2010 года за необоснованное повышение цен на услуги ЖКХ мэр Петропавловска-Камчатского Владислав Скворцов лишен поста заместителя главы регионального отделения "Единой России". В ноябре он был исключен из партии, а в 2011 году ушел в отставку.
16 августа 2010 года "Единая Россия" представила президенту список кандидатов в главы Калининградской области, в который не попал действующий губернатор Георгий Боос. Этому предшествовал рост протестной активности в регионе и, как признали партийцы, потеря чиновником поддержки со стороны населения. В тот же день генсовет объявил замечание секретарю подмосковного отделения Игорю Брынцалову, спикеру Мособлдумы Владимиру Аксакову и трем другим местным лидерам партии за "самоустранение от исполнения должностных обязанностей" во время лесных пожаров.
11 декабря 2010 года спикер заксобрания Кировской области Владимир Васильев решением генсовета был снят с поста главы регионального политсовета за "невыполнение рекомендаций партии". Поводом стало несогласованное формирование списков кандидатов на выборы в заксобрание.
С конца 2010 года по решению регионального политсовета "Единой России" мэр Волгограда Роман Гребенников покинул посты главы общественной приемной Владимира Путина и замсекретаря совета. Этому предшествовала критика со стороны премьер-министра в связи с жалобами предпринимателей на коррупцию в мэрии. 23 февраля 2011 года он был уволен с поста градоначальника, а на следующий день — исключен из партии.