Управляющий партнер аудиторской компании Firestone Duncan Сергей Магнитский был задержан оперативниками управления по налоговым преступлениям (УНП) ГУВД Москвы 24 ноября 2008 года. В тот же день следственный комитет при Прокуратуре РФ (СКП РФ) предъявил ему обвинение в «уклонении от уплаты налогов с организации в особо крупном размере» (ч. 2 ст. 199 УК РФ). По версии следствия, Сергей Магнитский разработал схемы оптимизации налогов двух калмыцких компаний, управлявшихся фондом Hermitage, и нанес ущерб бюджету в 100 млн руб. 26 ноября Тверской суд Москвы санкционировал арест юриста. Следующие 11 месяцев он провел в «Бутырке», а 16 ноября 2009 года умер в больнице «Матросской Тишины», куда его доставили с жалобами на острую боль в животе. После этого в СМИ попали дневники юриста с копиями более 50 жалоб на условия содержания и неоказание медпомощи. При этом свидетельства адвокатов о «невыносимых страданиях» Сергея Магнитского расходились с заявлением следствия об отсутствии в деле жалоб юриста на здоровье. 24 ноября 2009 года президент Дмитрий Медведев поручил Генпрокуратуре расследовать смерть юриста, а следственный комитет возбудил дело по статьям «Неоказание помощи больному» и «Халатность».
4 декабря 2009 года Дмитрий Медведев отстранил от должностей 20 различных руководителей ФСИН, а 15 декабря отправил на пенсию главу УНП ГУВД Москвы Анатолия Михалкина. Между тем в ГУВД Москвы уход господина Михалкина связали с состоянием его здоровья, а во ФСИН объяснили большинство отставок «масштабной реформой структуры службы».
16 сентября 2010 года СКП РФ заявил, что «к настоящему времени причинно-следственной связи между действиями врачей изоляторов» и смертью Сергея Магнитского не установлено. Проведенная судебно-медицинская экспертиза показала, что смерть юриста стала следствием острой сердечной недостаточности.
15 ноября 2010 года следственный комитет при МВД заявил о возможной причастности Сергея Магнитского к хищению из бюджета 5,4 млрд руб. фирмами, принадлежавшими инвестфонду Hermitage Capital. На следующий день следователи отчитались о ходе расследования убийства юриста. Ведомство сообщило, что уже допрошены медики и сотрудники администраций следственных изоляторов, в которых содержался Сергей Магнитский, и его бывшие сокамерники. В свою очередь, родные и коллеги Сергея Магнитского заявили, что следствие намеренно тянет с расследованием, поскольку «не желает искать виновных».