В июне 1990 года в Оше уже происходили столкновения между узбеками, тогда самой многочисленной этнической группой в городе и окрестностях, и киргизами.
Конфликт разгорелся на фоне "подъема национального самосознания" обоих народов, а поводом к кровопролитию стала борьба за землю колхоза имени Ленина. В мае 1990 года малоимущие молодые киргизы потребовали предоставить им землю колхоза, где 95% работников составляли узбеки. Власти Ошской области, состоявшие в основном из киргизов, согласились, но через несколько дней свое решение отменили. 4 июня на двух концах спорного поля собралось несколько тысяч узбеков и киргизов, которые различными маршрутами двинулись к Ошу, учиняя по пути погромы и избивая людей. На следующий день в город подтянулись дополнительные группы киргизов из сельской местности, которые по дороге убивали узбеков.
5 июня другой узбекский анклав — Узген был "очищен от приезжих": практически всех киргизов насильно заставили покинуть город. В ответ в ночь на 6 июня вооруженный отряд киргизов, спустившись с гор, вошел в Узген и напал на горожан-узбеков. Столкновения перекинулись на другие села юга Киргизии и области Ферганской долины Узбекской ССР.
Резню удалось остановить только к вечеру 6 июня, когда в регион были введены части Советской армии и внутренних войск. Однако локальные нападения продолжались еще несколько дней. Поход вооруженных узбеков из Намангана и Андижана в Ош был остановлен в нескольких десятках километров от города. По данным следственной группы прокуратуры СССР, в конфликте погибло около 300 человек, по неофициальным подсчетам — до 10 тыс.