Авиакомпания «Башкирские авиалинии» создана в декабре 1999 года путем разделения единого предприятия на два ГУП — «Авиакомпания БАЛ» и «Международный аэропорт „Уфа“». В начале 2000-х годов летный парк БАЛ насчитывал семь самолетов Ту-154М, два Ту-134 и два вертолета Ми-8.
3 июля 2005 года арбитражный суд Башкирии ввел в авиакомпании процедуру наблюдения. На тот момент задолженность БАЛ перед бюджетом составляла 100 млн руб., перед работниками — более 70 млн. В феврале 2007 года на предприятии введено конкурсное производство. В феврале 2010 года его срок продлен до 2 августа. По информации конкурсного управляющего Владимира Крючкова, в настоящее время кредиторская задолженность БАЛ превышает 529 млн руб. В списке кредиторов — 67 организаций, в том числе ОАО «Международный аэропорт „Уфа“» (127 млн руб.), Федеральная налоговая служба (123 млн), банк «Уралсиб» (69 млн), авиакомпания «ВИМ-АВИА» (50 млн), Фонд социального страхования (25 млн).
С момента объявления процедуры банкротства проведено 12 аукционов по продаже 54 лотов имущества авиакомпании на общую сумму более 229 млн руб. Реализовано только девять лотов на сумму 77,3 млн руб.