В 2009 году Владимир Путин распорядился достроить петербургскую дамбу в 2011 году — на год раньше запланированного срока. Решение было принято на фоне громкого скандала, в котором Минрегионразвития (заказчик проекта) обвинял инжиниринговую корпорацию "Трансстрой" Олега Дерипаски в срыве сроков строительства. Однако подрядчику удалось доказать в суде, что исполнение контракта задерживало само министерство, в котором проект курирует экс-совладелец Промстройбанка Владимир Коган.
Скандал вокруг комплекса защитных сооружений (КЗС) разгорелся в феврале прошлого года — вскоре после дня рождения Владимира Путина, лично открывшего судоходство через питерскую дамбу, получив ее "в подарок" от тогдашнего главы Минрегионразвития Дмитрия Козака. Тогда директор департамента капитальных вложений министерства Владимир Коган заверял, что строительство идет с опережением графика. Но неожиданно выяснилось, что ЗАО "Инжтрансстрой" Олега Дерипаски, обязавшееся построить судопропускное сооружение С-2 и подъемный мост до 18 марта 2008 года, к январю 2009 года работы так и не завершило. Это стало известно после того, как заказчик неожиданно предъявил иск к Альфа-банку, потребовав погасить выданную "Инжтрансстрою" банковскую гарантию на сумму на $19 млн, которая должна была отойти Минрегионразвития в случае невыполнения подрядчиком условий контракта стоимостью $190 млн.
В ответ на претензии министерства "Инжтрансстрой" предъявил к нему три встречных иска, требуя пролонгировать контракт и выплатить по нему задолженность на сумму около $12 млн. Подрядчик настаивал, что пробуксовка возникла из-за того, что заказчик не учел дополнительный объем проведенных работ и необоснованно задерживал оплату контракта. По версии "Инжтрансстроя", транши с реальным финансированием контракта прекратились с июля 2008 года, вместо этого подрядчик получал "нулевые сертификаты". Дело в том, что директор департамента капитальных вложений Минрегионразвития Владимир Коган (экс-совладелец Промстройбанка), которому поручил завершить долгострой лично Владимир Путин, в этот момент решил провести ревизию всех заключенных ранее контрактов.
Добиться погашения $19 млн от Альфа-банка господину Когану не удалось — вместо этого он вынужден был погасить затеянный им вокруг "дамбы Путина" скандал. Уже в марте министерство с опозданием на год приняло в эксплуатацию судопропускное сооружение С-2 и подъемный мост. Одновременно заказчик подписал с Альфа-банком мировое соглашение, отозвав свой иск, но получив дополнительную банковскую гарантию на сумму $9,5 млн, обеспечивающую выполнение подрядчиком обязательств по устранению дефектов по контракту в течение трех лет.
Однако окончательно урегулировать отношения господам Когану и Дерипаске без суда так и не удалось. Минрегионразвития отказался оплатить контракт в полном объеме, сославшись на связанные со сроками штрафные санкции. В итоге "Трансстрой" к концу года все же добился в суде продления контракта до июля 2009 года и взыскания с заказчика $5,9 млн (около 1% потраченных в 2009 году на дамбу 16,11 млрд рублей). Обжаловать решение структурам, подведомственным господину Когану, не удалось.
Таким образом, опоздание, по сравнению с изначально утвержденным графиком работ, составило более года. Однако на итоговый дедлайн это, как выяснилось, не повлияло. В декабре господин Коган заверил, что строительство, в том числе автомобильного тоннеля и развязки у станции Бронка, завершится в 2010 году, а на пусконаладочные работы будет потрачено не более полугода. Владимир Путин своим распоряжением зафиксировал это обещание, перекинув запланированные на 2012 год средства на 2010-2011 годы. Согласно внесенным в федеральную программу завершения строительства изменениям, в 2010 году на КЗС выделено 16,371 млрд рублей, в 2011 году — 13,078 млрд рублей. Всего же в результате корректировок проект с 2007 года подорожает вдвое: c 55 до 109 млрд рублей.