За последние 20 лет были убиты более 30 православных священников. Большинство преступлений совершено с целью ограбления, но встречаются и неоднозначные версии.
9 сентября 1990 года в Подмосковье ударом топора по затылку убит настоятель Сретенской церкви, самый известный проповедник того времени Александр Мень. Дело находилось под личным контролем президентов СССР Михаила Горбачева и РСФСР Бориса Ельцина. Следствие подозревало местных алкоголиков, членов семьи убитого, его противников среди церковных деятелей, националистов, религиозных фанатиков и агентов КГБ. В убийстве сознались не менее 15 человек, но единственный из них, чье дело дошло до суда, был оправдан.
26 декабря 1990 года в Москве восемью ударами "тупым предметом" по голове убит секретарь митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия игумен Лазарь. Прокуратура подозревала, что он мог "слишком много знать" о делах патриархии. По другой версии, игумен был гомосексуалистом и погиб от рук ревнивого любовника.
20 августа 1997 года в поселке Форос (Крым) зарезан священник московского патриархата Петр (Посаднев). В 1999 году за убийство с целью ограбления приговорены двое местных жителей. Тем не менее, по одной версии украинских СМИ, убийцы были наняты, чтобы забрать у священника документы тайной киевской конференции о готовящемся расколе РПЦ, а по другой — компромат на начальника Ялтинского горотдела службы безопасности Украины.
14 сентября 1997 года под Санкт-Петербургом несколькими выстрелами в грудь и голову убит протоиерей Александр Жарков. Следствие связывало преступление с борьбой за храм Святой Елисаветы. Тремя месяцами ранее митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир запретил убитому служить в храме, так как тот объявил о переходе из РПЦ в Русскую православную церковь заграницей. Убийцы не найдены.