1 октября 2007 года в аэропорту Домодедово сотрудники ФСБ задержали главу департамента оперативного обеспечения Федеральной службы по контролю за оборотом наркотиков (ФСКН) генерал-лейтенанта Александра Бульбова. 5 октября Басманный суд Москвы арестовал генерала, несмотря на поручительство трех заместителей директора ФСКН. Сам он назвал свой арест "местью" за участие в расследовании дела "Трех китов".
9 октября 2007 года "Ъ" опубликовал статью директора ФСКН Виктора Черкесова, в которой он назвал преследование своих подчиненных "междоусобицей внутри чекистского сообщества". В тот же день следственный комитет при прокуратуре (СКП) обвинил Александра Бульбова и еще двух сотрудников ФСКН в незаконном прослушивании телефонных переговоров, получении взяток от частных фирм за "покровительство" и превышении полномочий. На следующий день СКП ответил на письмо господина Черкесова заявлением о том, что "никакая должность или принадлежность к тому или иному ведомству" не станут "гарантией ухода от ответственности".
15 октября Генпрокуратура обратилась в Мосгорсуд с требованием освободить генерала "из-за недостаточности представленных доказательств", но суд отказал в этом.
4 сентября 2008 года СКП предъявил генералу обвинение в новой редакции, уточнив, что его сотрудники прослушивали топ-менеджеров РАО ЕЭС, Альфа-банка и сенатора Владимира Слуцкера. В обвинительном заключении также стала фигурировать жена генерала Галина, через которую он якобы получал взятки.
10 сентября 2008 года Мосгорсуд продлил Александру Бульбову срок задержания до 15 декабря. 28 октября Верховный суд РФ признал это решение незаконным, так как выяснилось, что на генерала не заводилось никаких уголовных дел — он был привлечен к ответственности в рамках дел против других лиц.
31 октября 2008 года СКП предъявил Александру Бульбову обвинение в окончательной редакции, добавив к старым статьям отмывание незаконных доходов. 22 октября стало известно, что обвинительное заключение по делу Бульбова передано для утверждения в Генпрокуратуру. На данный момент по нему проходят десять фигурантов, включая экс-сотрудников ряда силовых ведомств, а также помощницу генерала.