ФТС обратилась в арбитражный суд Москвы с заявлением об обжаловании предписания Федеральной антимонопольной службы (ФАС) по вопросу эмиссии таможенных карт, с помощью которых участники внешнеэкономической деятельности рассчитываются с бюджетом. В мае 2008 года ФТС закрепила за собой право выбора единого координатора выпуска таможенных карт. До этого такого координатора по согласованию с таможенными органами могли выбирать банки-эмитенты. В июле 2008 года координатором вместо компании "Таможенная карта" было назначено ООО "Таможенная платежная система". "Таможенная карта" оспорила приказы в арбитраже и обратилась с жалобой в ФАС. Антимонопольная служба возбудила дело о нарушении конкуренции, а в начале апреля 2009 года признала ФТС России нарушившей закон о защите конкуренции и предписала отменить акты, нарушающие законодательство.