В 1990-х судья Гарсон расследовал убийства испанских граждан, совершенные в Чили в годы правления Аугусто Пиночета. В октябре 1998 года он инициировал арест экс-диктатора в лондонской клинике и потребовал его выдачи Испании. Генерал провел под домашним арестом 16 месяцев, после чего британский суд прекратил дело по состоянию его здоровья.
В 1997 году судья Гарсон начал расследование в отношении политика и бизнесмена Сильвио Берлускони, подозреваемого в финансовых махинациях с частной телекомпанией Tele 5. Дело застопорилось, поскольку господин Берлускони обладал мандатами итальянского и европейского парламентов, а затем стал премьер-министром. Тем не менее в 2000 и 2001 годах судья направлял в Европарламент запросы о лишении политика депутатской неприкосновенности.
В 2001 году судья вел дознание по делу об экстрадиции Владимира Гусинского, арестованного в Испании по обвинению в мошенничестве. Он перевел медиамагната из тюрьмы под домашний арест. Впоследствии суд Мадрида отказал в выдаче господина Гусинского.
В августе 2002 года Бальтасар Гарсон обвинил баскскую партию "Батасуна" в пособничестве террористической организации ЭТА и приостановил ее деятельность на три года. В 2003 году партия запрещена верховным судом.
В сентябре 2003 года судья возбудил уголовное дело против лидера "Аль-Каиды" Осамы бен Ладена и выписал международный ордер на его арест.
В октябре 2007 года судья Гарсон направил в прокуратуру Мюнхена запрос о проверке полуфинального матча Кубка UEFA, в котором санкт-петербургский "Зенит" обыграл "Баварию". По данным правоохранительных органов Испании, победа россиян была организована "авторитетами" малышевской группировки. Прокуратура Мюнхена не стала возбуждать дело.