Братья Ямадаевы считались ближайшими сторонниками первого президента Чечни Ахмата Кадырова. При его поддержке Руслан избрался в Госдуму, а Сулим и Джабраил (погиб в 2003 году) получили высокие посты в местных силовых структурах. После гибели Ахмата Кадырова его сын Рамзан начал концентрировать в своих руках всю власть в республике, что привело к ухудшению отношений с Ямадаевыми.
В июне 2005 года после зачистки, проведенной возглавляемым Сулимом Ямадаевым батальоном спецназа "Восток" в станице Бородзиновская, Рамзан Кадыров предложил распустить это подразделение. В декабре 2005 года президиум генсовета "Единой России" планировал утвердить Руслана Ямадаева главой чеченского отделения партии, однако местные единороссы настояли на назначении на этот пост господина Кадырова.
В открытое противостояние конфликт перерос 14 апреля 2008 года, когда бойцы "Востока" не уступили дорогу кортежу господина Кадырова. Вооруженного столкновения удалось избежать только после его личного вмешательства. В тот же день за оказанное сопротивление милиционеры застрелили двух спецназовцев. 15 апреля было заведено уголовное дело по факту дорожного инцидента, младший брат Бадрудин Ямадаев объявлен в розыск. В этот же день база "Востока" была блокирована. 16 апреля Рамзан Кадыров публично обвинил находящегося в Москве Сулима Ямадаева в причастности к похищениям людей и убийствам. 20 апреля стало известно, что более 300 рядовых и офицеров решили перейти из "Востока" в подразделения чеченской милиции.
24 апреля чеченское следственное управление следственного комитета при Генпрокуратуре назвало Бадрудина Ямадаева подозреваемым по вновь открытому делу о похищении братьев Арсамаковых. 5-6 мая в Гудермесе с помощью перешедших на сторону Рамзана Кадырова спецназовцев были обнаружены два захоронения. По данным следствия, в них могли находиться жертвы проведенных батальоном спецопераций.
12 мая Сулим Ямадаев отстранен от командования "Востоком" на время следствия по дорожному инциденту. Минобороны приняло решение провести переаттестацию личного состава батальона и сократить его на 30%. 31 мая Рамзан Кадыров заявил о возбуждении уголовных дел в отношении Сулима и Бадрудина Ямадаевых по обвинению в причастности к похищениям и убийствам. В военной прокуратуре эти данные не подтвердили.