26 мая 2000 года к 55-й годовщине Победы Госдума приняла постановление об амнистии, которая коснулась ветеранов, инвалидов, престарелых, больных, беременных женщин и женщин с детьми, несовершеннолетних и впервые осужденных на срок до трех лет. Амнистировано 206 тыс. человек.
30 октября 2001 года Госдума амнистировала подростков и женщин, осужденных за нетяжкие преступления. На свободу вышли 10 тыс. несовершеннолетних и 14 тыс. женщин.
6 июня 2003 года Госдума объявила амнистию для участников конфликта в Чечне в связи с принятием конституции республики. Предложением сложить оружие до 1 сентября воспользовался 171 боевик. Параллельно амнистированы 226 военных и милиционеров, совершивших нетяжкие преступления.
20 апреля 2005 года по случаю 60-летия Победы Госдума решила освободить 217 человек — 55 ветеранов ВОВ, 112 тружеников тыла, 30 блокадников и 20 узников лагерей.
19 апреля 2006 года в честь 100-летия Госдумы амнистировано около 14 тыс. человек, не совершивших тяжких преступлений: несовершеннолетние, женщины с детьми, беременные и пенсионеры.
22 сентября 2006 года Госдума приняла постановление об амнистии для участников незаконных вооруженных формирований на Северном Кавказе. Поводом стала ликвидация Шамиля Басаева. К концу года оружие сложили 546 боевиков.