7 февраля 1994 года руководитель группы анализа и планирования правительства России Андрей Илларионов заявил об отставке, обвинив премьер-министра Виктора Черномырдина в росте инфляции и "перевороте в экономической политике". Господин Черномырдин не принял прошения об отставке и 9 февраля уволил чиновника "за нарушение трудовой дисциплины". Формальным основанием послужило отсутствие господина Илларионова на работе с 17 по 20 января.
С 2001 года в СМИ регулярно появлялась информация о готовящихся отставках господина Илларионова с поста советника президента по экономике, якобы связанных с его несогласием в отношении политики российских властей. 29 мая 2001 года Андрей Илларионов заявил, что покинет пост в знак протеста против программы реформы электроэнергетики. Однако позже он согласился с тезисами скорректированной программы.
4 января 2005 года Андрей Илларионов по собственному желанию покинул пост представителя России в странах G8 в знак несогласия с ратификацией Киотского протокола, который он назвал "стратегической ошибкой". СМИ сообщали, что причиной отставки является критика в адрес политики Кремля по делу ЮКОСа и заявления о том, что продажа ОАО "Юганскнефтегаз" в декабре 2004 года являлась "экспроприацией частной собственности".
27 декабря 2005 года Андрей Илларионов объявил о добровольной отставке с поста экономического советника президента. Свое решение он объяснил невозможностью выражать свое мнение и изменением экономической ситуации в стране, которая "оформляется как корпоративистская модель с участием госкорпораций".