27 октября 2003 года после ареста главы ЮКОСа Михаила Ходорковского Андрей Илларионов заявил, "что пройдена точка возврата и эскалация событий может привести к чудовищным последствиям для страны".
4 декабря 2003 года Андрей Илларионов заявил, что "ползучий протекционизм" в российской экономике "начинает приобретать галопирующий характер".
20 февраля 2004 года активно протестовавший против ратификации Киотского протокола Андрей Илларионов назвал документ "экономическим Освенцимом" для России.
28 декабря 2004 года на пресс-конференции советник президента приветствовал "оранжевую революцию" на Украине, выразив надежду, что она поможет избавиться от "российского имперского комплекса". Там же он назвал продажу "Юганскнефтегаза" "аферой года", подчеркнул, что удвоение ВВП "в ближайшие десять или восемь лет России не грозит", и заявил, что в стране происходит "избиение" лучших компаний и наиболее ярких профессионалов.
2 июня 2005 года Андрей Илларионов в докладе о проблемах российской экономики диагностировал "венесуэльскую" и "голландскую" болезни, "инфантилизм" и "деградацию". Политику государства он описал как "неквалифицированное хирургическое вмешательство".
23 января 2006 года в статье в Ъ господин Илларионов констатировал, что Россия превратилась в "закрытое акционерное общество", живущее по принципам "нашизма" и "своизма".
23 мая 2006 года в Лондоне Андрей Илларионов посоветовал инвесторам оставаться в стороне от IPO "Роснефти": "Лондонская фондовая биржа будет использована для распределения краденого имущества. Это преступление".