6 апреля 1990 года на сессии Верховного совета Башкирской АССР директор Уфимского нефтеперерабатывающего завода имени XXII съезда КПСС Муртаза Рахимов избран председателем президиума Верховного совета. После принятия 11 октября 1990 года Декларации о государственном суверенитете Башкортостана он стал главой республики в должности председателя президиума Верховного совета. С 25 февраля 1992 года его должность называлась председатель Верховного совета.
12 декабря 1993 года господин Рахимов избран президентом Башкирии, получив поддержку 64% избирателей. Единственный альтернативный кандидат председатель правления банка "Восток" Рафис Кадыров набрал 28,5% голосов.
14 июня 1998 года Муртаза Рахимов переизбран на президентский пост. Выборы состоялись на полгода раньше запланированного, и в первом же туре выборов за действующего президента проголосовали 70,2% избирателей. Его соперник министр лесного хозяйства Башкирии Риф Казаккулов получил 9%. Против всех высказались 17,1% участников голосования.
5 марта 2003 года госсобрание Башкирии единогласно поддержало законопроект, продлевающий истекающие 14 июня полномочия президента до декабря 2003 года, для совмещения выборов главы республики с выборами в Госдуму.
На президентских выборах 7 декабря 2003 года Муртаза Рахимов не смог переизбраться в первом туре, набрав 42,59% голосов при необходимых 50%. Во втором туре он победил, набрав 78,01% голосов. Его соперника экс-главу Межпромбанка Сергея Веремеенко поддержали 15,84% избирателей.