В марте 1998 года Госкомэкологии приостановил бурение на месторождении Чайво в рамках проекта "Сахалин-1", потребовав вывозить на берег буровой раствор.
В августе 2001 года Минприроды запретило Exxon Mobil проведение сейсморазведочных работ в рамках "Сахалина-1". Официальной причиной стала угроза популяции серых китов.
25 июля 2006 года Минприроды начало новую проверку деятельности Sakhalin Energy, оператора проекта "Сахалин-2".
3 августа замглавы Росприроднадзора Олег Митволь заявил, что обжалует в суде заключение государственной экологической экспертизы "Сахалина-2", так как "проект опасен для окружающей среды", а трубопроводы могут пострадать от селей.
В конце августа Sakhalin Energy приостановила на неопределенный срок строительство наземных трубопроводов.
31 августа Минприроды заявило о загрязнении окружающей среды морскими объектами "Сахалина-2" и пригрозило лишить компанию лицензии на водопользование.
5 сентября помощник президента Игорь Шувалов предложил участникам "Сахалина-2" перейти из режима соглашения о разделе продукции в "национальный режим" и таким образом разрешить проблемы с российскими ведомствами.
18 сентября глава Минприроды Юрий Трутнев подписал приказ, отменяющий положительное заключение государственной экологической экспертизы проекта "Сахалин-2".
18 сентября Ростехнадзор Дальневосточного федерального округа предписал компании Exxon Neftegas (оператор "Сахалина-1") приостановить загрузку нефти в трубопровод, ведущий к терминалу в порту Де-Кастри. По данным чиновников, на терминале не выполнены природоохранные мероприятия.
22 сентября экологи сообщили, что на берег недалеко от строящегося завода по сжижению газа "Сахалина-2" выбросилось множество рыб, крабов, креветок и моллюсков.
25 сентября стартовала новая, комплексная проверка "Сахалина-2".