Уполномоченный по правам человека в Чечне Нурды Нухажиев 17 мая 2006 года выступил перед чеченскими депутатами с докладом "Проблемы бесследного исчезновения людей в Чеченской республике и поиска механизма для установления местонахождения насильственно увезенных и удерживаемых лиц". По данным, которые он привел, на 1 апреля 2006 года с начала контртеррористической операции в 1999 году зарегистрировано 2707 фактов насильственных похищений граждан неустановленными сотрудниками силовых структур. За этот период возбуждено 1949 уголовных дел по фактам похищения, из них 31 дело прекращено, а 1679 дел приостановлено из-за невозможности найти причастных к похищениям. Из общего числа похищенных и пропавших без вести с 2000 по 2005 год найдены два человека.
По подсчетам правозащитного центра "Мемориал", обнародованным 7 февраля 2005 года его главой Олегом Орловым, "за все последние пять лет, время проведения контртеррористической операции, в результате похищений, незаконных арестов и задержаний исчезло больше 3 тыс. и менее 5 тыс. человек". По данным центра, в 2004 году в Чечне пропали без вести 122 человека, а в 2005-м — 107.