13 декабря 1994 года, через два дня после ввода войск в Чечню, Госдума объявила амнистию всем участникам незаконных вооруженных формирований (НВФ). Им было предложено сложить оружие до 15 декабря 1994 года в обмен на освобождение от уголовного преследования. По истечении срока ультиматума он был продлен президентом Борисом Ельциным еще на 48 часов. В итоге были амнистированы около 500 человек.
1 декабря 1995 года Борис Ельцин подписал указ "о правовых гарантиях" участникам НВФ. В рамках исполнения указа была создана комиссия по рассмотрению заявлений участников НВФ, не совершивших тяжких преступлений. До конца года свои заявления в комиссию предоставили около 100 боевиков.
9 февраля 1996 года Госдума приняла постановление об объявлении амнистии чеченским боевикам, совершившим нападение на дагестанский город Кизляр и село Первомайское в январе 1996 года, при условии освобождения 12 новосибирских милиционеров, захваченных во время событий в Первомайском и удерживаемых на территории Чечни. 19 февраля 1996 года 12 новосибирских омоновцев были переданы российской стороне в обмен на 11 амнистированных боевиков.
12 марта 1997 года, после вывода федеральных войск из Чечни и избрания президентом Ичкерии Аслана Масхадова, Госдума приняла постановление об амнистии для участников вооруженных столкновений в период с 9 декабря 1994 года по 31 декабря 1996 года (включая российских военнослужащих, самовольно оставивших свои части или отказавшихся от прохождения воинской службы в Чечне). Действие амнистии не распространялось на лиц, совершивших тяжкие преступления. Постановление действовало в течение шести месяцев, были амнистированы около 5 тыс. человек.
Под объявленную Госдумой 13 декабря 1999 года амнистию попали участники НВФ, совершившие преступления с 1 августа по 16 декабря 1999 года, прекратившие вооруженное сопротивление и добровольно сдавшие оружие до 1 февраля 2000 года (позднее срок был продлен до 15 мая 2000 года). По данным российского Генштаба, оружие сложили около 2,5 тыс. боевиков, из них 750 были полностью амнистированы.
6 июня 2003 года Госдума объявила амнистию для участников конфликта в Чечне в связи с принятием конституции ЧР. Предложением сложить оружие до 1 сентября воспользовался 171 боевик. Параллельно были амнистированы 226 военных и милиционеров, совершивших нетяжкие уголовные деяния. Госдума отклонила просьбу и. о. президента Чечни Ахмата Кадырова о продлении амнистии до 1 декабря.