30 декабря 2003 года, менее чем через месяц после выборов в Госдуму в "Родине" возник первый конфликт — между Дмитрием Рогозиным и Сергеем Глазьевым. Последний решил баллотироваться в президенты, тогда как официально блок поддержал Виктора Геращенко. 22 января 2004 года ЦИК отказал господину Геращенко в регистрации, после чего господин Рогозин заявил, что будет поддерживать Владимира Путина.
30 января господин Глазьев и его сторонники в отсутствие господина Рогозина провели учредительный съезд движения "Народно-патриотический союз 'Родина'", избрав Сергея Глазьева своим лидером. В середине февраля конфликт разгорелся с новой силой на съездах трех блокообразующих партий. "Народная воля" единогласно поддержала на выборах Сергея Глазьева. Партия российских регионов с подачи Дмитрия Рогозина поддержала Владимира Путина, переименовалась в "Родину" и исключила из своих рядов господина Глазьева. А Социалистическая единая партия России (СЕПР) раскололась: одна ее часть поддержала Дмитрия Рогозина, другая — Сергея Глазьева. 4 марта депутат Глазьев был смещен с поста председателя фракции "Родина", его место занял Рогозин, а Сергей Бабурин вместо последнего стал вице-спикером.
Однако противоречия во фракции окончательно не исчезли. Сергей Бабурин постоянно обвинял господина Рогозина в узурпации брэнда "Родина". 25 декабря 2004 года вице-спикер отклонил предложение Дмитрия Рогозина о роспуске "Народной воли" и вхождении ее членов в "Родину". Отношения политиков обострились после голодовки пяти депутатов фракции во главе с господином Рогозиным против закона о монетизации льгот. Господин Бабурин обвинил голодавших в том, что акция не была с ним согласована. 23 июня 2005 года Сергей Бабурин и глава СЕПР Василий Шестаков заявили о намерении оспорить в Минюсте использование Дмитрием Рогозиным названия "Родина". 28 июня господин Бабурин был исключен из фракции "за действия, направленные на раскол фракции и компрометирующие ее репутацию", и создал фракцию "'Родина' (Народная воля — СЕПР)". После этого в рогозинской фракции был создан институт сопредседателей, одним из которых стал Сергей Глазьев.