Первый раскол в ДПР произошел во время ее учредительной конференции 26-27 мая 1990 года. Около 90 делегатов, в том числе народные депутаты РСФСР Лев Пономарев и Марина Салье, заявили об отказе войти в партию, после того как большинством голосов было отвергнуто предложение о введении института сопредседателей ДПР. Впоследствии они вошли в руководство движения "Демократическая Россия".
В апреле 1991 года глава московской организации Гарри Каспаров и один из создателей партии Аркадий Мурашев объявили о выходе из ДПР, обвинив председателя партии Николая Травкина в нетерпимости к иным мнениям и отходе от антикоммунизма. Их поддержало более 100 членов партии. Впоследствии критики господина Травкина отказались от выхода из ДПР, но в октябре 1992 года вошли в блок "Либеральный союз".
8 сентября 1992 года секретарь политсовета ДПР Евгений Малкин обвинил главу исполкома партии Валерия Хомякова и зампреда партии по идеологии Илью Ройтмана в выступлениях от имени ДПР без согласования с политсоветом. Конфликт закончился после того, как господину Малкину предоставили более широкие полномочия.
В декабре 1992 года на съезде ДПР более 80 делегатов из 13 регионов заявили о выходе из партии из-за несогласия с ее курсом, направленным против реформ Егора Гайдара. В январе 1993 года они под руководством экс-главы петербургской организации ДПР Александра Сунгурова учредили "Союз прогресса России".
6 мая 1994 года председатель ДПР Николай Травкин был назначен министром без портфеля, после чего члены фракции в Госдуме обвинили его в измене оппозиционному курсу партии и даже собирались вынести вопрос о его отставке. В октябре 1994 года господин Травкин добровольно покинул пост председателя партии, а после и саму ДПР.
В 1995 году перед ДПР встала проблема нехватки средств для участия в выборах в Госдуму. Договориться о партнерах для создания блока руководители партии не смогли. Сторонники председателя национального комитета Сергея Глазьева примкнули к Конгрессу российских общин, а глава фракции ДПР в Госдуме Станислав Говорухин предложил вступить в блок с Партией самоуправления трудящихся (на что ПСТ ответила отказом). В результате ни одна из групп в парламент не прошла.
28 февраля 2003 года делегаты съезда ДПР проголосовали за отставку и исключение из партии ее лидера, новгородского губернатора Михаила Прусака. Причиной стало его постоянное отсутствие на партийных мероприятиях и "отказ от обязательств по управлению партией". По данным СМИ, господин Прусак разочаровался в ДПР и решил примкнуть к "Единой России", куда его приняли в феврале 2005 года.