11 октября 1999 года ЦИК не зарегистрировал федеральный список ЛДПР на выборах в Госдуму в связи с предоставлением неверных сведений о доходах ряда кандидатов в депутаты. В партии нашли простой выход из ситуации: 18 октября ЦИК на основании избирательного залога зарегистрировал новый избирательный блок — Блок Жириновского. 2 декабря ЦИК все же зарегистрировал список ЛДПР, однако Владимир Жириновский был из него исключен за недостоверные данные о доходах. 4 декабря 1999 года ЦИК исключил из списка ЛДПР 71 кандидата, одновременно зарегистрированных в Блоке Жириновского, а 8 декабря 1999 года Верховный суд отменил решение о регистрации ЛДПР. На выборах 19 декабря Блок Жириновского стал пятым, получив поддержку 5,98% избирателей.
10 декабря 1999 года ЦИК отменил регистрацию федерального списка избирательного объединения "Экологическая партия России 'Кедр'". Поводом к этому решению послужили десять заявлений от кандидатов о выходе из списка. Поскольку двое из них, председатель исполкома движения Владимир Петров и режиссер Иван Охлобыстин, входили в первую тройку движения (под номерами 2 и 3 соответственно), пришлось снять с регистрации весь список.
28 марта 2002 года Свердловский облизбирком отменил регистрацию списка Народной партии (НПР) на выборах в думу законодательного собрания области. Поводом стали нарушения в порядке формирования избирательного залога: по данным паспортно-визовой службы, 40 тыс. руб. из требуемых по закону 500 тыс. внесли "мертвые души". Лидеры НПР назвали произошедшее черным пиаром и обвинили в нем губернатора области Эдуарда Росселя, который, по их мнению, пытался избавить от конкурентов возглавляемый им блок "За родной Урал". 5 апреля 2002 года ЦИК отменил решение областной комиссии и обязал ее восстановить регистрацию партии на выборах. Однако 14 апреля на выборах НПР не смогла преодолеть пятипроцентный барьер.
18 апреля 2005 года Магаданский облизбирком снял с выборов в облдуму Российскую партию пенсионеров (РПП) после того, как из списка партии вышли 4 из 12 членов, то есть больше предписанных законом 25%. 30 апреля облизбирком с аналогичной мотивацией снял блок "Наша родина — Колыма", образованный СПС, "Яблоком" и Демократической партией (блок покинули 8 из 24 кандидатов). Представители партий объяснили самоотвод кандидатов сильным давлением, оказанным на них со стороны власти. Партии обратились с заявлениями в суды и к генпрокурору, однако восстановлена была регистрация только РПП: 16 мая Верховный суд признал незаконным постановление Магаданского избиркома. В результате на выборах 22 мая РПП стала второй, набрав 20,68%.