В марте 2000 года Минфин через суд потребовал взыскать с администрации Ярославской области 157 млн рублей. Деньги были взяты в 1994 году на строительство цеха детского питания у Внешэкономбанка под гарантии правительства и не выплачены. Областной арбитраж удовлетворил иск.
В марте 2000 года Минфин подал иск к ОАО "Росстанкоинструмент", потребовав DM1,986 млн за оплаченный ведомством кредит, который компания под госгарантии взяла у Внешэкономбанка в 1993 году. 15 мая 2000 года Мосарбитраж отклонил иск. В 2004 году министерство предъявило "Росстанкоинструменту" претензии на €4,364 млн. 23 марта 2004 года Мосарбитраж наложил арест на имущество компании. О развитии событий не сообщалось.
В июне 2000 года Минфин подал иск о взыскании с ЗАО "Бонум-1", дочерней компании "НТВ плюс", $30 млн. В 1998 году ведомство выступило агентом по кредиту американского Eximbank для "Бонум-1" в $142 млн на покупку телекоммуникационного спутника. Компания смогла провести только первый платеж кредитору в размере $20 млн. В сентябре 2000 года требование Минфина было удовлетворено. В апреле 2001 года Минфин подал еще четыре иска о взыскании оставшейся части кредита, процентов и штрафов. 20 июня 2001 года Мосарбитраж взыскал с должника $177 млн.
В январе 2002 года Минфин потребовал от АМО ЗИЛ возмещения €10,8 млн, которые ведомство перечислило немецкому банку AKA в счет гарантий по кредиту от 1994 года. 11 марта 2002 года иск был удовлетворен.
В сентябре 2003 года Минфин подал иск к администрации Санкт-Петербурга и РАО "Высокоскоростные магистрали" с требованием выплатить в бюджет $20,7 млн по кредиту от британских банков Indosuez и SBC Warburg, выделенные на строительство коммерческого центра РАО ВСМ. 22 октября 2004 года арбитражный суд Санкт-Петербурга удовлетворил иск.
В декабре 2004 года девятый арбитражный апелляционный суд рассматривал иски Минфина к подмосковной агрофирме "Бунятино" и североосетинской "Кадгорон", участвовавших в проекте по поддержке реформ в сельском хозяйстве АРИС, под который Всемирный банк дал в 1994 году заем на $240 млн. Проект провалился, но Минфин продолжал платить по кредиту. По иску к "Кадгорону" суд взыскал $17,9 млн с правительства Северной Осетии, которое было поручителем по кредиту. По иску к агрофирме "Бунятино" Минфину было отказано в выплате $6,7 млн в связи с тем, что деньги до компании не дошли. Кассация возвратила дело в первую инстанцию.
6 июня 2005 года Минфин предъявил новгородской мэрии иск о погашении кредитов МБРР, взятых в 1996 году под гарантии ведомства и областного правительства для покупки автобусов Mercedes и застройки одного из микрорайонов города. Общая сумма кредитов — более $30 млн. Слушания дела продолжаются.