Родился 7 октября 1965 года в городе Донецке Украинской ССР. В 1987 году окончил экономический факультет МГУ по специальности "политическая экономия", учился на одном факультете с будущим банкиром и депутатом Госдумы Ашотом Егиазаряном. После вуза продолжил обучение в аспирантуре МГУ на кафедре политэкономии. В 1991-1992 годах работал младшим научным сотрудником кафедры политэкономии МГУ.
С 1992 года занялся бизнесом: был президентом ЗАО "Российская международная валютно-фондовая биржа", возглавлял АО "Кассовый союз", работал председателем совета ЗАО "Депозитарно-Клиринговая компания". В 1996 году был гендиректором ЗАО "Интерфакс-Дилинг", затем по приглашению Ашота Егиазаряна перешел на работу в Уникомбанк на должность зампреда правления и председателя кредитного комитета банка. Упоминался СМИ в связи со скандалами, связанными с банкротством банка. В 1998 году назначен первым зампредом комитета по займам и инвестициям администрации Московской области. Затем занимал должности советника, заместителя руководителя секретариата, первого зампреда правительства Юрия Маслюкова.
В феврале 1999 года стал помощником первого заместителя министра финансов РФ Михаила Касьянова. Когда в мае того же года господин Касьянов стал министром финансов, Константин Мерзликин сохранил свой пост и стал руководить работой аппарата помощников министра. В 2000 году — после назначения Михаила Касьянова первым вице-премьером — господин Мерзликин стал руководителем его секретариата. С мая 2000 года — руководитель секретариата председателя правительства РФ Михаила Касьянова. С мая 2003 года — руководитель аппарата правительства в ранге министра. После отставки правительства Михаила Касьянова в феврале 2004 года свою должность потерял господин Мерзликин. С февраля 2005 года по настоящее время — вице-президент компании "МК-Аналитика".