Учредитель интернет-издания "Украинская правда", журналист Георгий Гонгадзе исчез вечером 16 сентября 2000 года. 18 сентября президент Леонид Кучма объявил, что расследование дела "взято под особый контроль". 6 октября глава МВД Украины Юрий Кравченко заявил в раде, что следствие рассматривает три версии: исчезновение в связи с "неурядицами в семье", нападение уголовников и похищение, связанное с профессиональной деятельностью.
2 ноября в Таращанском лесу под Киевом найден обезглавленный труп, в котором журналисты и родственники опознали пропавшего журналиста. Привлеченные к изучению тела российские эксперты объявили, что "найденный труп на 99,6% принадлежит Гонгадзе". 28 ноября лидер Соцпартии Украины Александр Мороз обвинил в убийстве журналиста президента Леонида Кучму и его окружение, сославшись на аудиозапись разговоров главы государства, переданную ему экс-сотрудником СБУ Николаем Мельниченко.
27 февраля 2001 года Генпрокуратура признала факт смерти Георгия Гонгадзе и возбудила дело по статье "Умышленное убийство". 20 марта специалисты мюнхенской компании Genedia, проведя повторную экспертизу, заявили, что труп не принадлежит Гонгадзе. 23 марта партия "Трудовая Украина" заключила с американским сыскным агентством Kroll соглашение о расследовании обстоятельств исчезновения журналиста.
15 мая Леонид Кучма заявил, что знает имена убийц. На следующий день глава МВД Юрий Смирнов объявил, что убийство не имеет политических мотивов и совершено "из хулиганских побуждений" двумя уголовниками, погибшими в декабре 2000 года. 27 сентября агенты сыскного бюро Kroll заявили, что обвинения в адрес Леонида Кучмы голословны.
8 февраля 2002 года эксперты американской компании Bek Tek подтвердили подлинность записей Мельниченко. 3 сентября того же года генпрокуратура Украины признала, что тело, найденное в Таращанском лесу принадлежит Георгию Гонгадзе.
24 октября 2003 года Генпрокуратура Украины объявила, что убийство "практически раскрыто". По подозрению в соучастии задержан сотрудник МВД Украины Алексей Пукач. Однако в декабре того же года с Алексея Пукача были сняты все обвинения, а сам он вышел на пенсию.
22 июня 2004 года британская газета Independent опубликовала материалы следствия, согласно которым Гонгадзе похитили и убили сотрудники МВД под руководством Игоря Гончарова, который в 2003 году был арестован по обвинению в убийстве других лиц и умер в следственном изоляторе.