Весной 1997 года Анатолий Брагин, занимавший пост прокурора Челябинска, проходил свидетелем по делу бывшего старшего следователя прокуратуры Челябинска Вадима Павленко, обвинявшегося в хищениях, подлогах и незаконных арестах. 14 мая 1997 года коллегия Челябинского облсуда приговорила Павленко к четырем годам тюрьмы. По результатам дела облпрокуратура приняла решение о наказании виновных работников, в числе которых был и Анатолий Брагин, получивший строгий выговор.
В ноябре 1997 года Анатолий Брагин в газетах "Вечерний Челябинск", "Возрождение Урала" и на челябинском телевидении заявил, что баллотирующийся на довыборах депутата Госдумы от Челябинской области Валерий Гартунг "непосредственно связан с криминальными авторитетами". Господин Гартунг обратился в суд. 24 марта 1998 года Советский райсуд Челябинска признал высказывания прокурора "несоответствующими действительности и порочащими честь и достоинство" Валерия Гартунга и обязал прокурора выплатить в качестве компенсации один рубль морального ущерба, как того требовал истец.28 августа 2002 года партия "Либеральная Россия" и лично глава челябинского отделения партии журналист Герман Галкин потребовали отставки прокурора Анатолия Брагина, обвинив последнего в фабрикации дела Головлева. 13 сентября Герман Галкин был вызван в облпрокуратуру, ему предъявили обвинение в "опубликовании клеветнических материалов", порочащих честь и достоинство первых лиц Челябинской области, включая губернатора Петра Сумина, вице-губернаторов Андрея Косилова, Константина Бочкарева и прокурора области Анатолия Брагина. 15 августа 2003 года суд Калининского района Челябинска осудил Германа Галкина на год лишения свободы с отбыванием срока в колонии общего режима. 13 ноября 2003 года наказание заменено облсудом на условное.
В начале 2003 года Анатолий Брагин получил выговор от Генпрокуратуры УрФО за неэффективный надзор за деятельностью прокуратуры Челябинска. Выговор стал следствием проверки Генпрокуратуры в связи с письмом челябинского бизнесмена Артура Никитина на имя замгенпрокурора РФ Юрия Золотова. Бизнесмен обвинял прокурора Челябинска Сергея Давыдова в препятствовании ведению бизнеса и коррупции, а прокурора области Анатолия Брагина в бездействии. По итогам проверки выявлены многочисленные нарушения.