25 ноября 1992 года главой комитета назначен Сергей Шахрай, ранее руководивший Государственным правовым управлением. Одновременно он занял пост вице-премьера. 19 февраля 1993 года Госкомнац преобразован в Госкомитет по делам федерации и национальностей во главе с Сергеем Шахраем.
10 января 1994 года Госкомитет по делам федерации и национальностей и Госкомитет по социально-экономическому развитию Севера были слиты в Министерство РФ по делам национальностей и региональной политике. Его 20 января 1994 года вновь возглавил Сергей Шахрай.16 мая 1994 года новым главой министерства был назначен экс-глава администрации Краснодарского края Николай Егоров. С 7 декабря 1994 года Егоров одновременно был вице-премьером. 30 июня 1995 года, после захвата чеченскими боевиками Буденновска, он ушел в отставку "по собственному желанию", но уже 17 августа назначен помощником президента РФ по национальной политике. Министерство с 5 июля 1995 года возглавил Вячеслав Михайлов, бывший до этого первым замминистра.
4 марта 1996 года Министерство по делам национальностей и региональной политике преобразовано в Министерство по делам национальностей и федеративным отношениям, портфель министра остался у Михайлова, но 23 марта 1998 года он ушел в отставку с правительством Виктора Черномырдина.
30 апреля 1998 года Министерство по делам национальностей и федеративным отношениям переименовано в Министерство региональной и национальной политики. 8 мая министром стал экс-спикер законодательного собрания Пермской области Евгений Сапиро.
22 сентября 1998 года Министерство региональной и национальной политики разделено на Министерство национальной политики и Министерство региональной политики. Главой Миннаца 25 сентября 1998 года назначен зампредседателя правительства по национальным вопросам Рамазан Абдулатипов, министром региональной политики стал Валерий Кирпичников.
25 мая 1999 года Министерство национальной политики преобразовано в Министерство по делам федерации и национальностей, ему передана часть функций преобразованного в Госкомсевер Министерства региональной политики. В этот же день министром вновь стал Вячеслав Михайлов. 6 января 2000 года министром назначен Александр Блохин, ранее работавший послом РФ в Азербайджане.
Указом президента от 17 мая 2000 года Министерство по делам федерации и национальностей преобразовано в Министерство по делам федерации, национальной и миграционной политики. Ему передана часть функций упраздненных Министерства по делам СНГ, Федеральной миграционной службы и Госкомсевера. Александр Блохин сохранил пост министра.
17 октября 2001 года указом президента Министерство по делам федерации, национальной и миграционной политики упразднено. Миграционную политику передали МВД, федеральную и национальную политику поделили между МИДом и Минэкономразвития.