Кризис компании 1995 года (убытки — более 2 трлн неденоминированных руб., долг федеральному бюджету около 1,2 трлн руб.) привел к решению акционеров передать функции управления НК ЮКОС. Через две недели после этого контрольный пакет акций ЮКОСа приобретен структурами банка МЕНАТЕП на залоговом аукционе за $159 млн.
С августа 1999 года начат обмен ЮКОСом акций дочерних компаний на единые акции НК. Одновременно удалось урегулировать вопрос по покупке акций ОАО, принадлежавших Кеннету Дарту. В течение последующих двух лет доля ЮКОСа в "Юганскнефтегазе" увеличилась до 93%. В июле 2001 года по результатам размещения акций нового номинала доля ЮКОСа в уставном капитале "Юганскнефтегаза" составила 100%."Юганскнефтегаз" разрабатывает 29 нефтяных месторождений в Ханты-Мансийском АО, совокупные запасы оцениваются в 1,6 млрд т. В компании работают 5939 человек. По официальным данным "Юганскнефтегаза" в 2003 году объем добычи нефти составил 50 млн т (около 60% годовой нефтедобычи НК ЮКОС), чистая прибыль по российским стандартам бухгалтерского учета составила 750,6 млн руб.