Первые сообщения о флеш-эффекте появились еще в 1960–1970 годах, на заре экспериментов с протонной лучевой терапией, которые начались в 1954 году в Университете Беркли (США).
В СССР первыми в области протонной лучевой терапии стали три физических центра: Объединенный институт ядерных исследований в Дубне (ОИЯИ) на базе протонного синхроциклотрона на энергию частиц 680 МэВ в 1967 году, Институт теоретической и экспериментальной физики в Москве (ИТЭФ) на базе синхротрона с максимальной энергией протонов 7 ГэВ в 1969 году и Ленинградский институт ядерной физики (ныне ПИЯФ) в Гатчине на синхроциклотроне с энергией 1 ГэВ в 1975 году.
Кроме протонов в лучевой терапии используются пучки тяжелых ионов, преимущественно ионов углерода. Первый центр ионной терапии был создан в Японии в Чибе в 1994 году.
В мире работает 95 центров протонной терапии и 12 центров ионной терапии. На протонных пучках облучено более 200 тыс. пациентов, более 30 тыс. пациентов облучено на пучках ионов углерода, рассказывает Александр Молоканов, медицинский физик Объединенного института ядерных исследований (Дубна).
Центр протонной терапии в ИТЭФ очень быстро развивался, и уже в 1970-е годы здесь вели облучение шесть крупнейших клиник Москвы. К 1990 году в России с помощью протонной терапии было пролечено 4320 больных. В 1990-е годы один из трех центров протонной терапии в России был закрыт, центр в ИТЭФ работал до 2012 года, когда ускоритель сгорел, центра в ОИЯИ (Дубна) принимал пациентов до июня 2019 года — пока у местной больницы не закончилась разрешительная документация на лучевую терапию. Таким образом, к настоящему моменту ни один из них не работает.
В 2017 году лечебно-диагностический центр МИБС в Санкт-Петербурге открыл первый в России коммерческий клинический центр протонной лучевой терапии. Здесь проходят лечение 800 человек в год. А двумя годами позже открылась первая государственная клиника Федерального медико-биологического агентства с протонной лучевой терапией в Димитровграде (Ульяновская область).