В ноябре 1997 года ФСБ РФ инициировала дело в отношении журналиста Григория Пасько, которого обвинили в передаче японским СМИ сведений, составляющих гостайну. 20 июля 1999 года суд ТОФ снял с Пасько обвинение в шпионаже, приговорил его к трем годам за превышение служебных полномочий и освободил по амнистии. ВС РФ вернул дело в суд ТОФ, который 25 декабря 2001 года признал журналиста виновным в госизмене и приговорил к четырем годам тюрьмы. 23 января 2003 года Пасько освобожден условно-досрочно.
В июле 1998 года прокуратура возбудила дело против замдиректора одного из департаментов МИД России Валентина Моисеева. Ему инкриминировалась передача южнокорейскому коллеге текста лекции "Политика России на Корейском полуострове", которая была ранее прочитана Моисеевым на совместном российско-корейском семинаре в Москве. 16 декабря 1999 года Мосгорсуд приговорил Моисеева к 12 годам тюрьмы за госизмену. Приговор был обжалован в Верховном суде. 14 августа 2001 года Мосгорсуд сократил срок до четырех с половиной лет лишения свободы. 31 декабря 2002 года Валентин Моисеев вышел из тюрьмы по истечении срока наказания.В мае 1999 года райсуд Владивостока признал профессора ТОИ Владимира Сойфера виновным в злоупотреблении служебным положением и амнистировал, сняв с него обвинение в разглашении гостайны. По версии следствия, ученый не соблюдал режима хранения секретной документации. Сойфер с вердиктом не согласился и обжаловал его в краевом суде. 19 декабря 2000 года Приморский крайсуд полностью оправдал профессора.
В августе 1999 года ФСБ обвинила завлабораторией Тихоокеанского океанологического института (ТОИ) РАН Владимира Щурова в попытке вывезти в Китай оборудование для проведения эксперимента. Щуров вины не признал и сослался на то, что вывоз оборудования был согласован с кураторами института из ФСБ. 25 августа 2003 года Приморский краевой суд признал ученого виновным в разглашении гостайны, приговорил его к двум годам лишения свободы условно и амнистировал.
3 апреля 2000 года завкафедрой ракетных двигателей МГТУ имени Баумана Анатолий Бабкин был задержан в Москве в момент передачи якобы секретных сведений гражданину США Эдмонду Поупу. 19 февраля 2003 года Мосгорсуд приговорил ученого к восьми годам лишения свободы условно с отсрочкой на пять лет.
29 декабря 2003 года суд присяжных оправдал директора теплофизического центра Красноярского государственного технического университета (КГТУ) Валентина Данилова, обвиненного по статье 275 в государственной измене в форме шпионажа в пользу Китая. Поводом для обвинения послужил подписанный Валентином Даниловым в 1999 году контракт КГТУ с Всекитайской экспортно-импортной компанией на изготовление исследовательского стенда для космических исследований.